作为专职全国特别是蒙古、西藏地方事务的中央机构，1949年前的蒙藏委员会为维护国家领土和主权完整，抵御帝国主义侵略作出了积极贡献，也为新中国处理边疆事务和民族问题提供了宝贵借鉴。

　　从蒙藏事务处到蒙藏院：在边疆危机中诞生

　　中华民国初年，由于政权更迭、政局动荡，蒙古和西藏地方形势混乱，中国出现了严重的边疆危机。对此，无论是时任中华民国临时大总统的孙中山，还是后来的袁世凯都有着清醒的认识。

　　1912年1月，中华民国成立伊始，孙中山即在任职宣言书中指出： “国家之本，在于人民，合汉、满、蒙、回、藏诸地为一国，即合汉、满、蒙、回、藏诸族为一人，是曰民族之统一。武昌首义，十余行省先后‘独立’。所谓‘独立’，对于清廷为脱离，对于各省为联合。蒙古、西藏，意亦同此，行动既一，绝无歧趋，枢机成于中央，斯经纬周于四至，是曰领土之统一。”当时定为国旗的五色旗，即象征五族为一体。

　　同时，《中华民国临时约法》指出：“中华民国领土，为二十二行省，内外蒙古，西藏，青海。……参议员，每行省、内蒙古、外蒙古、西藏，各选派五人，青海选派一人，其选派方法，由各地自行定之。参议院会议时，每参议员有一表决权。”《中华民国临时约法》还强调：“中华民国之领土，依从前帝国所有之疆域”，明确表明了民国政府坚持五族共和、维护国家统一和领土完整的政治立场。

　　1912年3月，袁世凯以大总统的名义发布了《劝谕蒙藏令》，令曰：“达赖喇嘛、班禅额尔德尼、哲布尊丹巴呼图克图，分驻蒙藏，为黄教宗主。后辈相传，咸深信仰。凡我蒙藏人民，率循旧俗，作西北屏藩，安心内向。近年，边疆大吏措施未善，每多压制，甚至有一任官吏敲诈剥削，以致恶感丛生，人心涣散。言念及此，不禁慨然。现在，政体改建共和，五大民族，均归平等。……兹据驻京扎萨克喇嘛等，公恳组织蒙藏统一政治改良会。核其宗旨，系为宣布五族平等，伸我蒙藏人权起见，应准其先行立会。……务使蒙藏人民，一切公权私权，均于内地平等，以期大同而享幸福。”正式就任大总统后，袁世凯又宣布：“现在五族共和，凡蒙、藏、回疆各地方，同为我中华民国领土，则蒙、藏、回疆各民族，即同为我中华民国国民。”