蔡巴寺的附属建筑有3座小寺。蔡巴寺西南约150米处有卫林寺,东北约80米处有乃琼寺,西南约500米处有居敏寺。卫林寺为二层藏林建筑,亦称“卫林扎仓”,由仲钦·嘎第白建造。经堂有长柱2根、短柱20根。经堂后有3座神殿:中间佛殿供有三世佛、无量寿佛、八药师佛塑像;西边佛殿内供有四臂依怙神等;东边佛殿供有护法神等。乃琼寺,亦称“乃琼殿”,为一层建筑,主供琼和两个护法神。居敏寺,为二层
藏式楼房,其措钦大殿有有柱42根,后部为佛殿,供有佛像。居敏寺原是拉萨上下密宗院的前身,后为上下密宗院的属寺。
向·尊珠扎巴于1193年(藏历第三绕迥之木虎年、宋绍熙五年)圆寂后,蔡巴噶举的宗教活动由蔡巴寺和贡塘寺的堪布主持。这两个寺的实权先是由向·尊珠扎巴侍者达玛宣奴掌握,并且由达玛宣奴的后辈叔侄相承。到达玛宣奴的侄孙意希迥乃时,蔡巴噶举又兼并了古麦的许多村寨,权势更加扩大,所辖地区有“四部八支”之称。意希迥乃的继承人是噶尔·杰哇迥乃的儿子桑结额朱。从这以后,噶尔氏家族就直接控制了巴噶举教派。
桑结额朱继任蔡巴寺和贡塘寺的寺主时,正是元世祖忽必烈派人到西藏分封十三万户的时候,当时蔡巴受封为一个万户,万户长为桑结额朱。桑结额朱的儿子仁钦坚赞继任万户长后,曾新自到北京朝贡,忽必烈土烈封赐给土地,并赐金印、诰命,此时蔡巴已成为前藏一带实力最强大的三个万户之一,而蔡巴噶举派已经降为蔡巴万户的附属。仁钦坚赞有三个儿子:长子叫尼玛喜饶,曾随八思巴到北京见过忽必烈,接受过忽必烈刚给的封号和诰命;次子叫噶德衮布,据说他曾7次到内地。由于元朝对他的支持,他在地方上很有实力。他把内地的刻板印刷技术带回西藏,从此藏族学者的著作也随着多起来,在藏族文化史上是有贡献的;三儿子叫仁钦旺秋,是一个出家僧人。噶德衮布的孙子蔡巴·贡噶多吉是藏族史上一位著名的人物。他曾到过内地,亲自向元朝朝贡。他以编纂藏文大藏经《甘珠尔目录》而知名,后来有些《甘珠尔》的刻本是以他所编纂的《甘珠尔目录》为蓝本刊行的,他在1346年写成了《红史》,这是一部研究西藏古代历史的重要参考书。
蔡巴噶举在蔡巴·贡噶多吉时期,曾联合萨迦(创始人为昆·贡却杰波)、雅桑(创始人为雅桑·却吉门兰)的势力,共同和帕竹(创始人为帕木竹巴·多吉杰波)作战。这时帕竹已是西藏最强的地方势力了。最后蔡巴、萨迦、雅桑都被帕竹击败,蔡巴的辖地也几乎全被帕竹夺取,蔡巴的势力从此一蹶不振。蔡巴·贡噶多吉的儿子格雷桑布曾经受过元朝的司徒封号,其子孙在大明朝时仍有都指挥使的官衔,但已经没有多大实力了。蔡巴噶举也随着蔡巴领主的失势而衰落下来。蔡巴寺和贡塘寺在元朝末年改为桑浦寺的属寺;格鲁派兴起后又改为格鲁派寺院,这一支派——蔡巴噶举传承从此断绝。
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