明朝时期,萨迦派虽然失去了对整个藏区的统治权,却出现了住持和振兴萨迦教法、庄严雪域的九庄严,即:精通显教的亚楚·桑杰贝(佛祥,1346-1399)、全知绒登·协夏更热(所知遍明,1427-1511)、仁达瓦·言鲁落追(童智1349-1412),即亚、绒、仁三师。精通密教的是大金刚持鄂钦•更嘎绒波(遍喜贤,1382-1452)、宗巴·更嘎江称(遍喜幢,1382-1436)、擦钦法王洛色加措(明慧海,1501-1561年),即鄂、宗、擦三师。精通显密二宗的郭屋绕降巴·索南僧格(福狮,1427-1478)和色多班禅·释迦确丹(释迦最胜,1427-?)、达仓·喜绕仁青(智宝,1399-1474),即郭、释、达三师。此时期,由于诸师将讲修的喜宴弘遍了四方,萨迦之显密教理的讲授与修持都十分兴盛,人才辈出。不但建立了众多讲授“六大论”为主的萨迦派显教的学问传统的大寺庙,尤其在密教的讲修方面,则形成了萨迦巴、鄂尔巴、宗巴、擦尔巴等支派并行发展、枝叶并茂的情形。
萨迦派的支派法流主要有三大传承,即:鄂尔派,由鄂钦大金刚持更嘎绒波(遍喜贤,1382-1452年)于1429年在后藏创建鄂尔唉旺寺而得名;宗巴派,源自于萨迦法王喇嘛当巴索南坚赞(1312-1375),宗巴·更嘎江称(遍喜幢,1382-1436年)使此派光大,称前宗巴系(或称沫舍系),之后从更嘎朗嘉所出的为“后宗巴系”(或称贡嘎系);擦尔派,由住持弘扬萨迦派耳传密法为主的擦钦法王洛色加措(明慧海)(1501-1561年)所创。根据蒋扬钦哲·秋吉洛追的说法,还有夏鲁派、布顿派和觉囊派(也可算是萨迦的支派)。虽然这些支派各有其不共的修法和知见,但都源自于萨迦派的传承。
元明两朝是萨迦派的全盛期,在蒙古、汉地、康区、安多和卫藏各地都建有寺院。其分布则主要集中于后藏日喀则地区,以及川、青、藏结合部的德格、阿坝、王树等多康地区。
其中,后藏主要为萨迦派的传统势力范围。日喀则地区的萨迦寺饱经风雨,迄今仍是萨迦派的祖庭和中心。其佛殿后的藏经库堪称智慧的宝库,所藏一万余种佛经、佛典,为八思巴时期集中卫、藏、康三地缮写家以金汁、银汁、朱砂、宝石和墨汁精心抄写而成,实为佛教瑰宝。整个萨迦寺共珍藏佛教经藏四万多卷,其中“贝叶经”的藏量居世界之首。萨迦寺以其浩如烟海的藏书、琳琅满目的佛教圣物和独特的建筑风格,赢得“第二敦煌”、“佛教文化的宝库”之美名。