萨迦寺是公元11世纪时衮却杰布所创建。衮却杰布(1034-1102)是吐蕃贵族昆氏的后裔。初学旧派法门,后往莫古隆,依卓弥·释迦耶协大译师学法,不久又去往依桂·枯巴拉孜已得新译密乘法要的传授,尚不满足,又往莫古隆请求卓弥传授《道果语教宝法》,卓弥为他分期传授。四十岁时,在奔波日山灰白土上建立寺院,灰白土藏语为萨迦,遂名萨迦寺。他住持该寺广传新派密法,但当时萨迦派的派名还不显著。
衮却杰布长子名衮噶宁布(1092-1158),又称萨钦。他是住持萨迦教法的法座第一人,但他并未出家,穿白衣,故认他为“白衣初祖”。由于他掌握了甚多显密教法,遂称为一切显密法之教主。住持萨迦寺四十八年,弟子众多,六十七岁圆寂。
萨钦有四子,长子早夭,次子锁南孜摩为萨迦五祖中之白衣第二祖(1142-1182),继承家传《亲口教宝》法门,并为众多弟子讲授,从学者众,门庭颇为兴盛。
三子扎巴坚赞,系五祖中的白衣第三祖(1147-1216)。二十六岁继承法座年七十圆寂。他的心传弟子即降仰萨班。萨班即萨迦班智达之简称,本名衮噶坚赞,系五祖中的红衣第一祖(1182-1251),为扎巴坚赞弟白钦沃布之子。从喀什班钦授比丘戒,又从其弟子僧迦室黎等学声明、诗学,博通一切大小五明,遂有班智达之称号。驻守西凉的阔端王闻其名,将其迎至西凉州议定西藏归入祖版图之事,七十岁圆寂于凉州。
其弟桑查·索南坚赞(1148-1239)幼从萨班学习各种显密教法。他善于世务,对扩建萨迦寺庙,为昆氏家族营置私产颇竭心力。五十六岁去世,其长子即八思巴帝师。
八思巴本名罗朱坚赞系萨迦五祖中的红衣第二祖(1235-1280),二十六岁时被忽必烈封为帝师,并令统率卫藏十三万户。有弟子甚多,四十六岁圆寂。
萨迦派在元代时颇为得势,族系分支又多,建立若干分院。后来由于互争权力渐渐衰微,法座嗣承无力,不能弘兴教法。后由其傍系法嗣继承住持萨迦教法。其中最有名的住持显教者则有雅楚·桑结白、绒敦?马畏僧格二人,住持密乘者有鄂巴衮噶桑布、宗二人。
其中密乘宗系一支又分为前宗巴(沫舍系)、后宗巴(贡噶系)。
又有一派系由刹钦·罗赛嘉措(1494-1566)所创建,汇总萨迦派各种教法,称为刹系。
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