宁玛派在其形成的初期,虽也建了寺院,但为数极少,且不具规模。发展到16、17世纪,在前藏和康区,建起了几座有影响的院。这些寺院由于伏藏经典的传承不同,分为六个支系,各以主寺为系名。
噶陀寺(在四川白玉县境):创建于12世纪,是宁玛派最早的寺院,由濯浦巴的再传弟子伽当·德谢喜巴(1127—?)所建。主要传授“南藏”,附带传授“三素尔”所传经典。该寺历代受德格土司的扶持,寺主采取”转世”形式世代相承,寺产富足,是藏传佛教中极有名望的寺院之一。
多吉札寺(在拉萨以南雅鲁藏布江北岸,全称“土登多吉札”寺):系16世纪扎希道杰创建,是宁玛派在前藏的主要寺院。扎希道杰原是十三万户之一拉堆绎地方的统治者,在与辛厦巴·才旦多吉斗争中战败,便游方传教,集聚学徒组成“艾旺教团”。此寺主要弘传“北藏”,亦兼传“三素尔”经典。寺主亦以“转世”相承。
敏珠林寺(在山南扎囊县城,全称“乌坚敏珠”)林:17世纪中叶由居美多吉建造,是宁玛派在山南的主要寺院。它以传授“南藏”为主,亦授“三素尔”经典。寺主取父子或翁婿相承方式。该寺受到原西藏地方政府(噶厦)的重视,噶厦所属僧官学校的校长(格根钦波),由该寺僧人中委派,已成惯例。佐钦寺(在四川德格东北):于1684年由德格土司阿旺扎西所建,是该派在四川藏区最著名的一座寺院。国内藏区及国外不丹、尼泊尔等的宁玛派僧人常来这里留学。寺主由转世法相继。该寺曾有百余座属寺,分布在四川甘孜、阿坝,青海玉树等藏族自治州境内。
贝域寺(四川白玉县城附近):大约建于17世纪,由仁僧衮桑喜饶创建。该寺同噶举派的帕竹、噶玛支系关系密切,其教法和帕竹噶举的玛仓支系教法揉合为一,历代转世的活佛都要到德格县的八蚌寺受戒。八蚌寺就是噶玛噶举的寺院。贝域寺也有过近百座属寺,分布于青海的果洛、西藏的江达和四川的甘孜、阿坝等地。
上述五座寺院多在四川德格土司的领地之内,受到历代土司的支持。
此外,18世纪中期,在佐钦寺以东还建有一座西钦寺,影响不大。另一座是8世纪赤松德赞时建的桑耶寺,早先传授旧派密法,后归宁玛派掌管。一次火灾之后,由萨迦派修复,寺权大部归萨迦派,只有“衮康”(护法神殿)仍属宁玛派。但此寺的宁玛派僧人颇受原噶厦政府的重视,凡遇重大政治事件或较大自然灾害,都要请他们的首领到拉萨去举行祈祷仪式。
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