随着格鲁派的发展,除了甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺和扎什伦布寺这“卫藏四大寺”外,格鲁的寺庙也扩展到广大边远地区。
大师的法嗣喜饶僧格的弟子堆·喜饶桑布,得师传授密法,后在阿里修建达磨寺,以后发展到桑噶、谷格、咱让等地,树立大师良好教规,发展格鲁派。
大师的再传弟子麦·协饶桑布,曾任色拉寺副讲,其讲风完全遵守大师规制,本人也严守戒律。经衮勤·降森巴劝请,他回朵康,改建昌都寺,首弘大师教法于康区。他有弟子甚多,广建寺宇,使格鲁派遍于号称为六冈、六绒、六雪、三茹的整个朵康地区,各地皆有其传承系统。
第三辈达赖索南嘉措在康南理塘主持修建黄教的第一座寺院长春科尔寺。公元17世纪时因始汗统治了卫、藏、康,为了巩固他的统治地位,帮助黄教建立寺院。公元1662年五辈达赖就派霍尔阿旺然吉赴康,在康北甘孜修建了黄教第一座寺院甘孜寺,以后发展为十三寺,先是第三辈达赖索南嘉措赴蒙时,路经青海湟中县,此处为宗师诞生之地,立有宝塔。甲穹扎寺为宗师母寺,遂使戒师沃色嘉措建立藏衮扎仓,住持数任后发展为显密两院和医学院(1560-1579)。后又发展扩建为塔尔寺。1577年命名为衮绷降巴林寺。
降仰·协巴多吉(1648-1722)为宗师法嗣根敦嘉措的弟子,1710年他赴甘肃夏河县修建显密六个扎仓的大学院,即有名之拉卜楞寺。
此外,大师的法嗣在青海还修建有敦隆寺、色阔寺,在内蒙的多伦尔寺等等。
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