甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺是格鲁派的“拉萨三大寺”,与扎什伦布寺合称为“格鲁派四大寺”。三大寺的寺院管理和教学制度基本上一致,基层单位一般都由“拉基”、“扎仓”和“康村”三级管理机构组成。
寺院的重要事务一般由所有扎仓的堪布和各执事人员组成的“措钦冲堆”,即所谓的全体会议负责处理。寺院日常事务的最高管理机构是“拉基”,它是由各个扎仓堪布和卸任的堪布“堪苏”组成的机构。拉基以下是扎仓,一个寺院通常由两个以上的扎仓组成,扎仓又可分为显宗扎仓和密宗扎仓。其实,扎仓是一个相对独立的机构,并不一定受拉基的管理。每个扎仓设有一个堪布,负责管理扎仓的学经等日常事务。扎仓的堪布一般须由精通佛典并获得格西学位的高僧担任。堪布任期各寺并不相同,哲蚌寺为6年,色拉寺和甘丹寺为7年。康村是三大寺按照僧人籍贯划分的基层机构。
扎仓是每个寺院里学僧们学经的主要场所。哲蚌寺由显宗学院果莽扎仓和洛赛林扎仓、密宗学院阿巴扎仓、显密学院德央扎仓等四个主要扎仓组成。甘丹寺由降孜和夏孜两个显宗扎仓组成。色拉寺由显宗学院吉扎仓和麦扎仓、密宗学院阿巴扎仓组成。
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