唐贞元二十年(804),日本僧人空海大师来唐学法,在长安青龙寺从惠果大师受金刚界、胎藏界两部秘法,并受传法大阿阇黎位。
3年后回国,以平安(今京都)东寺为中心弘传密教,并建高野山金刚峰寺为传教“根本道场”,创立真言宗,以传金刚界密法为主,亦称“东密”。其教义与中国密宗略同,但重视空海的《十住心论》、《秘密宝钥》、《辩显密二教论》、《即身成佛义》等所含基本要义。
镰仓时期,赖瑜创新义真言宗,认为大日如来的法身不说法,其化身说法,以和歌山根来寺为中心,现有真言宗丰山、智山两派;反对此说的为“古义真言宗”,以东寺和高野山为中心,现有高野山真言宗、真言宗山阶派,真言宗醍醐派、真言宗东寺派等。
此外,又有日僧最澄、圆仁、圆珍等先后来唐学天台宗和密宗教义,回国后在比睿山等地进行弘传,被称为“台密”,以传胎藏界密法为主。此派基本上可分为根本大师(最澄)派、慈觉大师(圆仁)派和智证大师(圆珍)派三个流派。由此瑜伽密教盛行于日本。
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