1985年3月召开了全国科技工作会议，邓小平同志7日在会上发表了题为《改革科技体制是为了解放生产力》的讲话，提出“经济体制，科技体制，这两方面的改革都是为了解放生产力。新的经济体制，应该是有利于技术进步的体制。新的科技体制，应该是有利于经济发展的体制。双管齐下，长期存在的科技与经济脱节的问题，有可能得到比较好的解决”。小平同志的讲话，指明了中国科技如何继续发展、在何种体制中运行以及科技体制改革的方向问题。

　　1985年中共中央发布《关于科学技术体制改革的决定》，全面启动了科技体制改革。《决定》提出，改革的主要内容是转变科技工作运行机制、调整科学技术系统的组织结构、改革科技人员管理制度等。这一阶段以改革研究机构的拨款制度、开拓技术市场为突破口，使科学技术机构增强自我发展的能力和主动为经济建设服务的活力，鼓励科技人员以多种方式创办、领办企业等。在这些措施的引导下，科技界以空前的热情投入到经济建设主战场，以多种形式进入和长入经济。

　　1987年发布实施了《技术合同法》，其后原国家科委与最高法院发布了关于审理技术合同案件的解释，最高人民检察院发布了关于审理科技纠纷案件的若干意见，极大地促进了技术交易和技术市场的发展，有效地保护了科技人员的合法权益。

　　1987年，国务院做出《关于进一步推进科技体制改革的若干规定》，在进一步放活科研机构、放宽放活科研人员管理政策、促进科技与经济结合方面提出了具体措施。

　　1988年，国务院做出《关于深化科技体制改革若干问题的决定》，鼓励科研机构发展成新型的科研生产经营实体，积极开发和组织生产高新技术产品；在智力密集地区兴办高新产业开发区，发展高新技术产业；大力推动企业和农村科技进步；支持集体、个体等不同所有制形式科技机构的发展；积极推行了各种形式的承包经营责任制。这是科技体制改革工作在认识和实践上的一次飞跃。

　　1993年《科学技术进步法》的发布实施，确立了国家发展科技进步事业的基本制度。

　　1995年中共中央、国务院发布《关于加速科学技术进步的决定》，确立了科教兴国战略，提出“稳住一头，放开一片”的改革方针。改革的重点是，调整结构，转变机制，分流人才。在一些产业部门、中科院和教育部开展了试点工作，重点探索调整组织结构和专业结构，推进大部分力量进入经济建设主战场。这一阶段的改革，为全面展开科研院所的结构调整探索了思路、积累了经验。

　　1996年《促进科技成果转化法》颁布，对科技人员转化成果予以奖励的规定，极大地激发了科技人员创新创业的积极性。