在藏区土司中，除了那些临近内地和实力弱小的土司对于中央政府“惟命是从”而外，还有一批实力较大或地处偏远的土司作为中央王朝治理边疆的一支重要的政治力量，为安边守疆，做出了重要的贡献，但另一方面，他们土司世代领有其土其民其军，拥有政治、经济、军事大权，设有自己一套完整的统治机构，往往对抗中央王朝，和中央政府有较深的政治矛盾。中央政府对于土司地区采取各种措施，以期使之社会安定、政治稳定，谨守王命，坚决反对土司割据一方，不服从中央王朝政令，尤其是土司的扩张和兼并战争。

　　董卜韩胡宣慰使与明中央政府的政治博弈主要集中在三个方面：第一，为了套取大量的赏赐，违背明朝对其朝贡的贡期和人数限制，以及多次要求改变官方规定的贡道，遭到了明朝的反对。第二，对外扩张，侵扰四邻。如果说董卜韩胡土司在朝贡方面和明朝的矛盾还使明政府能忍受，那么，对于其向外扩张，打破该地区的政治平衡，则是明政府不能容忍，也是其和明朝的主要矛盾。最后，明朝极力反对董卜韩胡宣慰使司包揽词讼，扰乱国家正常政治秩序。

　　对于藏区土司公然对抗中央王朝或不服从地方政府的政令，中央政府对其政策，主要采取剿抚兼治、以夷攻夷。这些政策也是中央王朝治理边疆民族地区的传统政策，只是在各个时代根据具体问题，采取具体对待。明朝在处理和藏区土司的矛盾时，虽然有许多可取之处，但许多措施也给藏区带来了消极的影响，而这些措施的实施，由于阶级和时代的局限，主要是统治者对少数民族认识上的偏见和政策上的歧视，以及对藏区了解十分有限所致。首先，“蛮夷与边吏”二元价值体系下的政治思维之害。中央统治者对土司“蛮夷与边吏”二元价值体系下的政治思维使土司集团始终处于中央王朝统治者政治视野中的政治边缘和对土司的歧视与不信任并存。土司制度初建以后，土司成为中央王朝统治下的一级地方民族自治的行政机构，彻底改变了以前藏区和中央政府的贡使政治关系。随之而来的一个非常重要的问题就是中央王朝统治者对于土司的政治态度。土司作为封建王朝的一个特殊官僚群体，他们既是封建王朝地方的一级官吏，也是民族地区的首领，在统治者的政治思维中始终处于“蛮夷与边吏”矛盾的二元价值体系之中。最后，吏治腐败，也是生成土司和中央王朝矛盾的一个关键因素，这不仅影响了中央政府在土司心目中的形象，而且也由于腐败的吏治加剧了这种矛盾的产生和激化，并且在中央政府对土司的冲击做出回应时，使国家化解这种矛盾的各项措施一方面非但达不到应有的效果，反倒成为加剧这种矛盾的催化剂，另一方面也使国家在化解这种矛盾过程当中付出了惨重的代价，记忆不加剧了阶级矛盾和民族矛盾，造成土司集团对朝廷和最高统治集团的不信任。

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