2005年至2007年，陕西省考古研究所和西藏文物保护研究所合作，对西藏萨迦寺的北寺遗址进行了全面考古调查和局部发掘。萨迦寺坐落在西藏萨迦县城以及仲曲河以北的山坡上，分为南北两寺，整个寺院不仅规模相当宏大，而且建筑形制特殊，寺藏文物丰富，在西藏历史上有着极为重要的地位。

　　三年期间主要对萨迦南寺羊马城城墙及护城河遗迹、北寺的得确颇章遗址、乌孜大殿遗址以及塔林的部分塔基进行了发掘清理；同时还对萨迦北寺的其他建筑遗迹如桑阿德吉林、东热布拉康等进行了实地考古调查，并对其中的4处进行了局部清理。此外还调查了现存的卓玛拉康、顿觉拉康、夏丹拉康、察姆钦拉康等寺院建筑。

　　萨迦南寺主要清理发掘了东、南、西三面的羊马墙和护城河壕沟和东面的两座门址。羊马城城墙与护城河壕沟环绕在萨迦南寺内城周圈，羊马城墙直接修建在护城河壕沟内侧之上，与高大的内城墙相配合，构成一套完整的立体防御系统。

　　萨迦北寺发掘的德确颇章、乌孜大殿均为早期建筑。德确颇章遗址内的建筑大致分为三组，呈品字形排列。通过发掘清理，大体清楚了各个建筑的相互关系以及单体建筑的柱网分布、墙体结构、建筑技术，这三组建筑的功能和早晚关系已经基本清楚。Ⅰ区是法王寝宫，由大厅和卧室等组成，大厅内墙局部保留有壁画；Ⅱ区是藏药加工厂，清理出加工藏药的工具和藏药原材料等；Ⅲ区是护法神殿，清理出排列有序的护法神塑像残部。

　　乌孜大殿遗址分为两部分，上层是古绒颇章，下层是乌孜宁玛大殿。建筑群总体上依照地形分布，高低错落有致。这次发掘，基本了解了乌孜大殿的平面布局结构。上层的古绒颇章F1北壁上有三个圆拱顶的小龛，原来供奉有萨迦五祖中的“白衣三祖”像。F2是北寺的藏书室，出土了一些残毁的经书、原经书架木板以及佛像底座的鎏金铜皮、铁质铠甲、铁箭头等。下层的乌孜大殿共清理南北相连的殿堂2座，南面的为乌孜宁玛大殿，北面的为北佛堂。这次发掘，除出土少量遗物外，主要是搞清楚了大殿的整体布局、柱网分布、与周边其它建筑的关系，对于我们重新认识这组建筑的宏伟结构提供了重要的参考资料。

　　萨迦北寺西侧分布有数量较多的佛塔，形成规模较大的塔群，大多数已经倒塌损毁。对德确颇章南侧紧邻的第一排佛塔做了清理发掘。清理出为纪念释迦牟尼一生8件大事而修建的“八相塔”，对萨迦早期佛塔的结构和样式有了进一步的了解，出土了大量红陶塔饰件和塔内装藏的擦擦。

　　此次发掘全面清理建筑群遗址4处，发掘面积总计6126平方米；调查建筑遗址11余处。在发掘过程中出土了大量文物，其中包括佛教造像、法器、供器、瓷器残片、陶器、装饰品、工具，以及经书残页、各类擦擦等。共发掘出土各类文物标本千余件（组）。

　　同时对桑阿德吉林、东热布拉康、雄阿巴雄努拉康、冈嘎查巴祖拉康、杰尊拉康等建筑遗址进行了调查。

　　现存的卓玛拉康为原卓玛颇章的主要建筑。现存的二层佛殿组合有度母殿、文殊殿、无量寿佛殿，三殿的壁画保存较好，内容丰富，绘制精美。其中卓玛拉康的萨迦法王夫妇供养图、度母救八难图，次巴麦拉康的萨迦法王世系图等均为萨迦南寺所少见或不见。

　　这次还对原80年代北寺古绒及乌孜大殿出土的经书进行了初步整理。为了了解原北寺出土藏经的情况，我们对现藏的北寺出土经书进行了初步梳理，共整理出各种经书92种。这批藏书主要有写本和刻本两种。其中写本有《大密咒随持经》、《大随求佛母经》、《八千颂般若波罗蜜多经》等49种；刻本有《大密咒随持经》、《百拜忏悔经》、《吉祥金刚爪经咒》等43种。此外还发现有瑜伽图解、法器图解、历法、佛经诵读标注、书信等残页。