从通卓钦摩大佛塔正面进去,第一层拉康内现供有笃补巴·西饶坚赞泥塑像和响铜铸造的尊胜塔5座;经架上摆满了十万颂经书一套和其他经书多部;墙上绘有释迦牟尼佛等壁画。第二层楼主供弥勒佛、莲花生大师泥塑像,墙上绘有十一面观世音菩萨和燃灯佛(过去世佛)壁画。第三层楼供有该塔修建过程中从地下出土的鎏金铜铸造的四臂观音燕菩萨像5尊;墙上绘有十六罗汉和第九世班禅却吉尼玛(1883—1937的壁画。第十一层楼有一时轮殿,面积4柱,墙上绘有时轮金刚像336尊。

这些壁画属早期作品,具有明显的印度风格。整个佛塔下大上小,逐层收分,气势恢宏,雄伟壮观,与寺院建筑融为一体,寺中有塔,塔中藏寺,形成寺塔完美结合的建筑风格。